Die ersten Spuren menschlicher Siedlungen gehen in Meißenheim bis in die Jungsteinzeit vor rund 5000 Jahren zurück. Neolithische Funde wie Steinbeile, Tonscherben, Pfeilspitzen und Feuersteine im Gewann Hub und Höfel lassen auf die Bandkeramiker als erste Bauern von Meißenheim schließen.
Das sogenannte Heidengrab steht synonym für die Epochen der Hallstatt- und Latene-Zeit. Von großer Bdeutung für die Geschichte ist ein Bronzeschwertfund, welcher vermutlich aus einem Einzelgrab der Hügelgräberbronzezeit vor 1600-1200 vor Christus stammt.
In den letzten Jahren bestätigte sich aufgrund zahlreicher Funde die Anwesenheit der Römer auf der Gemarkung Kürzell. Dabei kam eine Gemme mit dem Motiv eines springenden Löwen sowie zahlreiche Leistenziegelfunde zum Vorschein.
Als weitere Vorfahren können die Alemannen und Franken (Merowinger) genannt werden, deren Reihengräber im Gebiet Oberried bei Bauarbeiten zum Vorschein kamen.
Der Ortsname Meißenheim wird als Heim des Remigius (Remigius = der Ruderer); Bischof von Reims gedeutet. Bis zur Reformation wird Sankt Remigius, Patron der Kirchen zu Missenheim, als Kirchenheiliger verehrt.
Im Jahr 1267 nach Christus wird das Dorf Meißenheim „zwischen Schwarzwald und Vogesen in nächster Nähe des Rheins gelegen“ im Schenkungsbrief Walter 1. von Geroldseck erstmals urkundlich erwähnt. Zuerst im Besitz der Geroldsecker, ging es um Mitte des 14. Jahrhunderts durch die Heirat Elsas von Geroldseck an die Herren von Hattstatt über und wurde am 25. Mai 1464 von Bernhard Wurmser zu Straßburg gekauft.
Meißenheim, das mehr als 340 Jahre unter der Herrschaft des Adels der Wurmser zu Vendenheim stand, wechselte im Jahr 1805 in den Besitz Badens über. Zu diesem Zeitpunkt zählte das Dorf etwa 650 Einwohner.
Katastrophale Schäden in der Landwirtschaft verursachten auch die zahlreichen Hochwasser des damals noch wilden, ungeregelten Stromverlauf des Rheins. Erst mit der Rheinkorrektur im Jahr 1876 konnte dem ständigen Kampf gegen das Hochwasser ein Ende gesetzt werden. Zur wichtigsten Einnahmequelle wurde der Tabakanbau. Einen jähen Einschnitt in die wirtschaftliche Aufwärtsentwicklung brachten beide Weltkriege.
Nach dem völligen Zusammenbruch ging man mit großem Tatendrang an den Wiederaufbau. 1952 wurde das Rathaus neu errichtet, das alte Schulgebäudewurde modernisiert, außerdem begann man mit dem Bau einer Turn- und Festhalle. Der wirtschaftliche Aufschwung in der Gemeinde war unverkennbar. Zahlreiche noch bis heute sehr gut erhaltene Fachwerkhäuser, ein typisches Merkmal der Riedlandschaft, tragen zu einem schönen, ausgeglichenen Dorfbild bei.