Im Jahre 1267 wurde Meißenheim erstmals urkundlich erwähnt. Zunächst gehörte der Ort als Lehen des Bistums Straßburg den Herren von Geroldseck, um dann im 14. Jahrhundert an die Herren von Hattstadt überzugehen. 1464 kaufte der Straßburger Bürger Bernhard Wurmser das Dorf. Es blieb bis 1805 im Besitz seiner Familie und kam dann im Rahmen der Mediatisierung aufgrund des Hauptschluss der außerordentlichen Reichsdeputation an das Großherzogtum Baden.
Meißenheim gehörte früher zum Landkreis Lahr, mit dem es 1973 im neuen Ortenaukreis aufging.
Am 01. Januar 1972 wurde die Gemeinde Kürzell nach Meißenheim eingemeindet.